挙動としてはSDメモリカード内boot-script の設定内容に依存します。
もしSDメモリカード内のboot-scriptで起動できなかった場合、装置内のprimary領域に保存されているファームウェアで起動いたします。
Apresia3400、5400シリーズは、アプリケーションノート（Boot script編）の表 2-1 Boot script の制限事項および注意事項に、
Apresia13000、15000シリーズは、アプリケーションノート(ブートスクリプト編)の表 6-1 ブートスクリプトの制限事項/注意事項に、関連する記載などございます。そちらもご確認願います。