挙動としてはSDメモリカード内boot-script の設定内容に依存します。
もしSDメモリカード内のboot-scriptで起動できなかった場合、装置内のprimary領域に保存されているファームウェアで起動いたします。
アプリケーションノート（Boot script編）の表2-1制限事項および注意事項に、関連する記載などございますので、そちらもご確認願います。